如果当事人双方在合同中约定了仲裁，且约定有效，则双方只能选择仲裁方式解决，不能主张建设工程的专属管辖。法律依据为：《中华人民共和国仲裁法》第四条：“当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。”第五条：“当事人达成仲裁协议，一方向人民法院起诉的，人民法院不予受理，但仲裁协议无效的除外。”
如果在合同中既约定了仲裁，又约定了法院管辖，则属于约定不明确，仲裁约定无效，仍应选择法院专属管辖。法律依据为：《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国仲裁法〉若干问题的解释》第七条：“当事人约定争议可以向仲裁机构申请仲裁也可以向人民法院起诉的，仲裁协议无效。但一方向仲裁机构申请仲裁，另一方未在仲裁法第二十条第二款规定期间内提出异议的除外。”
还有一种情况是，在合同中虽然只约定了仲裁，但约定仲裁机构不明确，或仲裁条款表述不清晰、不明确，导致双方产生争议，则除了当事人双方同意重新约定仲裁机构和仲裁条款外，仲裁约定无效，仍应选择法院专属管辖。
如（2019）最高法民终279号民事裁定书。江苏金厦建设集团有限公司、山西谊融房地产开发有限公司建设工程合同纠纷案：
江苏金厦公司与山西谊融公司签订《建设工程施工合同书》，约定由江苏金厦公司承建山西谊融公司××项目，合同约定，“本合同在履行过程中发生的争议，由双方当事人协商解决，协商不成的提交晋中仲裁委员会仲裁。”之后双方又签订一份《补充合同》，该补充合同约定，“甲乙双方在执行本协议过程中，如发生分歧，可协商解决，协商达不成一致时，均可申请相关部门调解，调解不成，向晋中市仲裁委员会提起仲裁，如仲裁调解不成，可由合同签订地人民法院诉讼解决。”后双方在施工过程中发生争议，造成停工。
山西谊融公司向晋中仲裁委员会申请仲裁，请求依法裁决江苏金厦公司立即将自有机械设备撤出施工场地。晋中仲裁委员会受理申请后，向江苏金厦公司送达仲裁通知，江苏金厦公司就向山西省晋中市中级人民法院提起诉讼，请求确认双方签订的《建设工程施工合同书》及《补充合同》约定的仲裁条款无效，山西省晋中市中级人民法院认为其请求缺乏法律和事实依据，裁定驳回。晋中仲裁委员会遂作出裁决：江苏金厦公司十日内将机械设备撤出施工场地。江苏金厦公司在收到仲裁裁决书后，向山西省晋中市中级人民法院提起撤销仲裁的诉讼，山西省晋中市中级人民法院受理后，裁定仲裁有效，并送达江苏金厦公司。
与此同时，江苏金厦公司向山西省高级人民法院提起诉讼，请求支付欠付的巨额工程款等事项。山西省高级人民法院认为，双方的《建设工程施工合同书》和《补充合同》均明确约定“双方发生争议或分歧，可协商解决，协商不成时，向晋中仲裁委员会提起仲裁。”本案江苏金厦公司已就仲裁效力问题向山西省晋中市中院申请撤销，山西省晋中市中院已作出生效的民事裁定书，认定仲裁条款有效。且山西融谊公司在一审证据交换前已提出有仲裁协议，并提出管辖异议。故根据《中华人民共和国仲裁法》第二十六条规定和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二百一十六条规定，驳回江苏金厦公司的起诉。
江苏金厦公司不服，向最高人民法院提起上诉。最高人民法院审理后认为，《补充合同》约定，“甲乙双方在执行本协议过程中，如发生分歧，可协商解决，协商达不成一致时，均可申请相关部门调解，调解不成，向晋中市仲裁委员会提起仲裁，如仲裁调解不成，可由合同签订地人民法院诉讼解决。”虽约定将纠纷提交仲裁机构仲裁，但同时约定如仲裁调解不成，可由合同签订地人民法院诉讼解决，其并未将仲裁作为纠纷的最终解决方式，故《补充合同》约定的仲裁条款无效。最终裁定：撤销山西省高级人民法院的民事裁定；将本案指令山西省高级人民法院审理。
可见，仲裁条款的约定，一定要清晰明确，否则，约定的仲裁条款很容易被认定为无效。
仲裁协议可能无效的情形
笔者还办有一起案件，被告是某知名房企，笔者按专属管辖在工程所在地法院立案起诉后，某知名房企向法院提出管辖权异议，主张合同通用条款中有约定，发生争议指定由广东仲裁委管辖，法院遂依据合同中该条约定，裁定驳回我方的起诉。笔者为此在中国裁判文书网上检索了该类案件，案例背景情况为：某知名房企，专属制作带LOGO的《建设工程施工合同》，在通用条款第37条中悄悄植入没有任何提示也没有加粗区别的“广东仲裁委仲裁”的条款。检索结果是类似的几起案件，均被法院裁定驳回起诉。而笔者认为，该合同仅在通用条款第37条中约定了仲裁条款，删除了专用合同条款中对管辖的选择。针对此情况，笔者认为，仲裁条款并不必然有效，理由如下：
1、双方签订的合同是由发包方提供的格式合同，在约定仲裁条款时未履行提示或者说明义务，更未与承包方商议仲裁事宜，承包方有权主张该条款不成为合同的内容，由发包方承担该不利后果。
《民法典》第四百九十六条【格式条款】“格式条款是当事人为了重复使用而预先拟定，并在订立合同时未与对方协商的条款。采用格式条款订立合同的，提供格式条款的一方应当遵循公平原则确定当事人之间的权利和义务，并采取合理的方式提示对方注意免除或者减轻其责任等与对方有重大利害关系的条款，按照对方的要求，对该条款予以说明。提供格式条款的一方未履行提示或者说明义务，致使对方没有注意或者理解与其有重大利害关系的条款的，对方可以主张该条款不成为合同的内容。”
2、中华人民共和国建设部和国家工商行政管理局共同制定的《建设工程施工合同范本》无论是1999版、2013版还是现在正在实行的2017版，均在合同条款的争议条款中给出两种解决方式供当事人选择。即“因合同及合同有关事项发生的争议，按下列第 种方式解决：（1）向 仲裁委员会申请仲裁；（2）向 人民法院起诉。”
可见，政府规定的建设工程示范合同文本均给出了两种争议解决方式供当事人选择，是充分尊重当事人双方，让当事人双方协商确定，而本案中某知名房企专属制作带LOGO的《建设工程施工合同》并未给承包方任何协商的机会，也未履行提示或说明义务。
依据《民法典》第四百九十七条【格式条款无效的情形】“有下列情形之一的，该格式条款无效：……（二）提供格式条款一方不合理地免除或者减轻其责任、加重对方责任、限制对方主要权利；（三）提供格式条款一方排除对方主要权利。”该知名房企提供的格式合同中关于仲裁的条款，显然排除了专属管辖，并不合理的单方意定去广州仲裁委仲裁，加重了承包方的责任、限制了承包方选择的权利，该格式条款依法应认定为无效。
3、仲裁条款既然无效，则本案应按《中华人民共和国民事诉讼法》第三十四条规定和《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民事诉讼法〉的解释》第二十八条第二款规定，由工程所在地法院专属管辖。
上述观点，仅代表笔者的一种观点，愿与大家做进一步探讨。
结语
关于建设工程施工合同纠纷案件的管辖问题，相信实践中大家还会遇到其他情形，每种情形可能类似也可能不同。作为合同签订的当事人，在签订合同时不一定会明白管辖的重要性，但是，作为建设工程律师和建工法务从业人员，在审核合同，甚至是审核招标文件时，或是后期发生纠纷的诉讼过程中，一定要做到熟悉且专业，要对管辖问题有清晰的了解，对涉及的法条了然于胸，唯有这样，我们才能充分维护当事人的权益，才能更好地体现我们的专业价值。