一、关于赤峰建设公司的工程款如何认定的问题

根据已查明事实，赤峰建设公司退场时，本案所涉工程尚未完工。对于其所完成的工程部分的价款如何计算，双方存在以下几方面的争议：1、结算方式如何认定。凤辉公司主张应按照2007年12月18日的《建设工程施工合同》约定的可调价方式进行结算；赤峰建设公司主张应按照2010年7月10日的《补充协议书》约定的固定单价方式进行结算。本院认为，上述两协议均为双方当事人真实意思表示，内容不违反法律、法规的强制性规定，应为合法有效，双方应依约履行。因《补充协议书》签订在后，且对《建设工程施工合同》的约定进行了变更，双方应按照《补充协议书》约定的固定单价方式进行结算。凤辉公司虽称《补充协议书》是迫于政府部门、施工进度、工期、返迁等各种压力签订，但并没有否认此协议书的真实性，也没有主张撤销，所以《补充协议书》对其仍有拘束力。最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条关于“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的依据”之规定针对的是当事人在中标合同之外另行签订建设工程施工合同，以架空中标合同、规避中标行为和行政部门监管的情形，而《补充协议书》是在双方履行《建设工程施工合同》过程中，为了解决因工程多次停工给赤峰建设公司造成的损失而签订，只是变更了结算方式，《建设工程施工合同》其他条款仍然有效，并且双方在2012年11月22日的《会议纪要》上对此结算方式再次确认，当地住建局工作人员也在《会议纪要》上签字认可。因此，《补充协议书》属于双方当事人在合同履行过程中经协商一致的合同变更，不属于最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定的情形。2013年2月1日《补充协议》约定双方核算工程量及完成产值，但此后双方未能按约进行核算，故凤辉公司认为该《补充协议》已将结算方式由“固定单价”再次变更为“可调价方式”，从而主张按可调价方式进行结算的上诉理由不成立。2、采用固定单价如何计算工程款。《补充协议书》约定的固定单价，指的是每平米均价，针对的是已经完工的工程。根据已查明事实，赤峰建设公司退场时，案涉工程尚未完工。此种情形下工程款如何计算，现行法律、法规、司法解释没有做出规定。一审判决先以固定单价乘以双方约定的面积计算出约定的工程总价款，再通过造价鉴定计算出赤峰建设公司完成的部分占整个工程的比例，再用计算出的比例乘以约定的工程总价款确定赤峰建设公司应得的工程价款，此种计算方法，能够兼顾合同约定与工程实际完成情况，并无不当。