1.对行政机关未按照约定履行行政协议而提起的请求解除协议的行政诉讼，应当参照适用民事法律规范关于诉讼时效的规定——成都亿嘉利科技有限公司、乐山沙湾亿嘉利科技有限公司诉四川省乐山市沙湾区人民政府解除投资协议并赔偿经济损失案
本案要旨：行政协议作为一种行政手段，既有行政性又有协议性，应具体根据争议及诉讼的性质来确定相关的规则适用，在与行政法律规范不相冲突的情况下可以参照适用民事法律规范，故诉讼时效制度可以适用于公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行协议提起的行政诉讼案件。
审理法院：最高人民法院
来源：最高人民法院发布行政协议案件典型案例 2019-12-12
2.审理行政合同案件，行政法律法规没有明确规定的，可以适用合同法的规定——崔邦安等不服秭归县郭家坝镇人民政府单方解除移民安置合同及要求退回移民安置费行政处理案
本案要旨：镇政府与移民签订的移民安置合同属于行政合同。审理行政合同案件，法律有特别规定的，适用法律的特别规定；没有特别规定的，可以适用合同法的规定。行政相对人一方不符合移民安置条件而误签的移民安置合同，因其损害社会公共利益和国家利益，违法法律、行政法规的强制性规定而无效；合同已经履行的，因该合同取得的财产，应当予以返还。
案号：（2006）宜中行终字第00036号
审理法院：湖北省宜昌市中级人民法院
来源：《人民司法（案例）》2007年第14期
3.对形成于2015年5月1日之前的行政协议，原则上对有关受案范围等属于法院裁判职权专属的事项，应当适用修改后的《行政诉讼法》的规定——香港斯托尔实业（集团）有限公司与泰州市人民政府等招商引资协议案
本案要旨：对《行政诉讼法》修改后的条款，除非明确规定不溯及既往或者因条款性质不适宜溯及既往的，原则上对有关受案范围、审理程序、裁判种类等属于法院裁判职权专属事项的规定，人民法院均应当适用新的规定进行裁判。由于《行政诉讼法》第十二条第一款第十一项是有关行政诉讼受案范围的规定，属于人民法院行使裁判职权专属事项，依法即具有溯及力。因此对形成于2015年5月1日之前的行政协议，如果协议双方未明确约定争议解决适用仲裁或者民事诉讼途径的，作为协议一方的公民、法人或者其他组织提起行政诉讼，人民法院依法应当立案受理。
案号：（2017）最高法行再99号
审理法院：最高人民法院
来源：中国裁判文书网 发布日期：2018-02-26
1.行政协议缔结、履行纠纷中赔偿问题的法律适用
在协议缔结过程中，因信赖利益产生纠纷构成缔约过失责任时，行政机关对相对人基于信赖利益遭受的损失进行相应赔偿。此时，产生行政协议缔约过失责任中的赔偿问题。从《国家赔偿法》第四条“行政机关及其工作人员在行使行政职权时有下列侵犯财产权情形之一的，受害人有取得赔偿的权利：……（四）造成财产损害的其他违法行为。”的规定来看，对侵犯财产权的赔偿只针对违法行为所致的财产损害才进行赔偿。前文提到行政协议归根到底是行政行为，而为了缔结行政协议而作出的行为也应当定性为行政行为，即缔约过失行为当属行政行为。那么缔约过失行为是否是违法行为呢？我们认为，缔约过失责任虽是一种过错责任，但其产生的基础是违反诚实信用原则应负的先合同义务，若这种先合同义务与行政机关的法定义务重叠，那么此时的赔偿适用《国家赔偿法》的规定；若这种先合同义务只是行政机关为了推动行政协议的成立所产生的附随义务，且不与法定义务重叠，只是一种逻辑上或者习惯上的义务，此时不适宜适用《国家赔偿法》，考虑到我国针对行政协议的法律规定采用行政程序法准用民法的法律适用模式，那么参照民事法律规范为宜。
在协议履行过程中，行政协议纠纷主要是协议不能正常履行和行政机关滥用行政优益权两种。关于协议不能正常履行导致的行政协议纠纷，依据导致协议不能正常履行的原因不同，可以将协议不能正常履行分为三种情形。第一种情形，由行政机关的原因导致协议不能正常履行，此处排除行政机关行使行政优益权导致合同不能履行的情形。若相对人主张的理由成立并造成了损失的，则行政机关应当赔偿。此时，产生行政协议履行纠纷中的赔偿问题。按照《行诉解释》第十五条第一款的规定，行政机关不依法履行或未按约定履行协议，只要给相对人造成损失，无论协议是否继续履行，都应当予以赔偿，此时，行政机关的行为有两种，一种是违约不履行，另一种是违法不履行，即一种是违法行为，另一种是违约行为。对于违法行为致损的赔偿问题适用《国家赔偿法》是毫无疑问的，那么，另外一种违约行为，是否适用《国家赔偿法》呢？笔者认为，此时的违约行为侧重体现了行政协议中的契约型，以参照民事法律规范为宜。第二种情形，由相对人的原因导致协议不能正常履行，也就是相对人违约。此时，由于行政协议区别与民事合同的特殊性，行政机关一般可以行使行政优益权，即对不履行义务的相对人的强制执行权、对违约行政相对人处以行政制裁措施，还可以申请法院强制执行。此时，参照《行政强制法》等相关法律规范的规定。第三种情形，由于公共利益需要、不可抗力等因素导致协议不能正常履行。通常这种情形，行政机关会行使行政优益权，即单方变更、解除协议。按照《行诉解释》第十五条第三款的规定，应当对相对人的损失进行补偿。此时，补偿问题的法律适用，宜采用行政程序法准用民法的法律适用模式，在适用行政法律规范无果，还可以适用相关民事法律规范。另外，关于行政机关滥用行政优益权导致的行政协议纠纷，即行政机关单方变更、解除协议违法产生纠纷。考虑到行政机关单方变更、解除协议的性质是违法，则适用对违法行为赔偿的法律适用为宜，即适用《国家赔偿法》的规定。
（注：本观点中《行诉解释》即《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》已失效）
（摘自刘均博：《浅论行政协议纠纷及其解决》，中国法院网）
2.行政协议案件法律适用规范的范围
（1）行政法律规范。主要包括行政实体法、行政程序法以及行政诉讼法。按照法律效力层级不同，具体行政法律规范主要包括法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章、司法解释，以及其他规范性文件。法院在审理行政协议案件中，在实体法方面，应当优先适用行政法律规范。
（2）民事法律规范。当行政法律规范没有规定的，法院可以适用不违反行政法和行政诉讼法强制性规定的民事法律规范。这里的民事法律规范主要包括《合同法》《物权法》《民事诉讼法》以及司法解释的有关规定。新《行政诉讼法》第101条规定：“人民法院审理行政案件，关于期间、送达、财产保全、开庭审理、调解、中止诉讼、终结诉讼、简易程序、执行等，以及人民检察院对行政案件的受理、审理、裁判、执行的监督，本法没有规定的，适用《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。”
（程琥：《审理行政协议案件若干疑难问题研究》，《法律适用》2016年第12期）
1.《中华人民共和国行政诉讼法》（2017修正）
第六十三条 人民法院审理行政案件，以法律和行政法规、地方性法规为依据。地方性法规适用于本行政区域内发生的行政案件。
人民法院审理民族自治地方的行政案件，并以该民族自治地方的自治条例和单行条例为依据。
人民法院审理行政案件，参照规章。
第一百零一条 人民法院审理行政案件，关于期间、送达、财产保全、开庭审理、调解、中止诉讼、终结诉讼、简易程序、执行等，以及人民检察院对行政案件受理、审理、裁判、执行的监督，本法没有规定的，适用《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。
2.《最高人民法院关于审理行政协议案件若干问题的规定》（2020.01.01施行）
第二十五条 公民、法人或者其他组织对行政机关不依法履行、未按照约定履行行政协议提起诉讼的，诉讼时效参照民事法律规范确定；对行政机关变更、解除行政协议等行政行为提起诉讼的，起诉期限依照行政诉讼法及其司法解释确定。
第二十七条 人民法院审理行政协议案件，应当适用行政诉讼法的规定；行政诉讼法没有规定的，参照适用民事诉讼法的规定。
人民法院审理行政协议案件，可以参照适用民事法律规范关于民事合同的相关规定。
第二十八条 2015年5月1日后订立的行政协议发生纠纷的，适用行政诉讼法及本规定。
2015年5月1日前订立的行政协议发生纠纷的，适用当时的法律、行政法规及司法解释。